Прах Петра Великого оставался в стенах Петропавловской крепости почти шесть лет — событие беспрецедентное даже по меркам того времени. Истинную причину столь затянувшегося прощания с императором историки видят в странных научных изысканиях Якова Брюса, одного из ближайших соратников царя, о котором ходили настойчивые слухи, будто бы он занимается магическими практиками.

В тот роковой январский день 1725 года, как свидетельствует Михаил Пазин в своей книге «Неофициальная жизнь Романовых», Петр I скончался после тяжелых страданий. Уже в новейшее время врачи установили, что всему виной стала запущенная форма мочекаменной болезни, обостренная последствиями перенесенной венерической инфекции — вероятнее всего, сифилиса. Хотя единое мнение о причине его смерти так и не сложилось, ясно одно — император скончался в тесной канцелярии Зимнего дворца, и в ту маленькую комнату с трудом внесли огромный гроб, размеры которого достигали косой сажени, что эквивалентно примерно двум метрам с четвертью. Именно в этом дворце было организовано прощание с усопшим правителем.

Елена Моршакова в своей книге «Российские императоры и Оружейная палата» отмечает, что тело Петра было выставлено для последнего поклонения в парадных покоях дворца, где специально для этого организовали своего рода «зал скорби», или, как говорили тогда на латинский манер, «castrum doloris». Прощание с почившим продолжалось более месяца — в общей сложности 42 дня. Такой длительный церемониал вошел в династическую традицию Романовых и сохранялся вплоть до самого ее конца. Уже в марте того же года, несмотря на стужу и метель, траурная процессия направилась к Петропавловской крепости, и Екатерина I, супруга покойного, прошла весь путь пешком, демонстрируя силу духа и преданность памяти мужа.

Но даже после столь продолжительного прощания, тело Петра не было погребено по христианскому обряду. По словам Вольдемара Балязина, автора книги «Тайны дома Романовых», гроб с императором был установлен в недостроенном еще Петропавловском соборе. Там же велись работы по бальзамированию, за которые отвечал Яков Брюс — человек, окруженный тайнами, которого одни считали чернокнижником, а другие — просвещенным скептиком. По легенде, когда царь однажды показал ему нетленные мощи и спросил о чуде, Брюс ответил с научной невозмутимостью: он объяснил сохранность останков влиянием сухого воздуха, свойствами почвы, умеренным образом жизни при жизни и, конечно, искусством бальзамирования.

Под руководством Брюса велись и иные дела, связанные с последними днями царя. Согласно исследованию Александра Смирнова, изложенному в книге «Неизвестный Петр I», сразу после кончины монарха Брюс планировал соорудить грандиозный мавзолей. Действительно, в крепости тогда появилось некое строение, возведенное из дорогих сортов мрамора и гранита, о котором вспоминали и зарубежные путешественники, побывавшие в Петербурге в период с 1725 по 1731 год. Между тем в 1727 году скончалась и Екатерина Алексеевна, успевшая недолго побыть на троне. Ее гроб разместили рядом с телом Петра, и так оба саркофага оставались нетронутыми на протяжении еще трех лет.

Екатерину, как и Петра, подвергли бальзамированию, использовав состав, предложенный всё тем же Брюсом. Однако сам он вскоре ушел в отставку, еще в 1726 году. Причины этого поступка окутаны догадками. По одной из версий, он стал слишком влиятельной фигурой, что вызвало недовольство при дворе. В то же время по преданию, описанному Андреем Буровским в книге «Россия, которая могла быть», сама Екатерина со слезами уговаривала Брюса не покидать службу. Тем не менее, он ушел в отставку с высшим военным чином — генерал-фельдмаршала — и уехал в подмосковное имение Глинка. Там он продолжал свои исследования и, несмотря на преклонный возраст, оставался деятельным человеком, выезжал, занимался экспериментами.

Возможно, именно неудачные научные попытки, а также удаление Брюса от государственных дел и стали причинами, по которым задуманный мавзолей так и остался недостроенным. В результате, как отмечает В. Н. Сингаевский, автор книги «100 мест в России, которые надо увидеть», прах императора Петра I так и не был предан земле на протяжении шести лет. Все изменилось с приходом к власти Анны Иоанновны — племянницы Петра, личности далекой от мистицизма и эзотерики. Именно по ее распоряжению, наконец, в 1731 году останки великого царя и его супруги были захоронены у южной стены собора, рядом с алтарем. При этом надгробия появились уже значительно позже — лишь в 1760-х годах.